Tras las importantes mejoras realizadas con motivo del Mundial 82, el estadio continuó creaciendo y modernizándose. 

En la temporada 1999-2000 se llevó a cabo un proceso de modernización conocido como ‘Proyecto Líder XXI’. Se pusieron en marcha multitud de servicios para ayudar a los socios y aficionados: la Línea Real Madrid (línea telefónica de información para socios y aficionados), la venta telefónica de localidades (por primera vez en la historia) y el abono transferible y financiado.

La capacidad del Santiago Bernabéu se distribuyó por sectores y se llevó a cabo una reseñalización del estadio. Se remodeló el Tercer Anfiteatro de la calle Padre Damián, colocando 9.380 localidades de asiento. Se sumaron a las 16.000 que se habían instalado en la temporada anterior en diferentes zonas. El aforo quedó reducido a 75.000 localidades. El gran teatro madridista consiguió que todos sus sitios fueran de asiento.
 
Al llegar a la presidencia del Real Madrid, Florentino Pérez puso en marcha el ‘Plan Director de Infraestructuras del Estadio’. Contempló la actualización técnica de las instalaciones e infraestructuras, su explotación comercial y la puesta en marcha de nuevas líneas de negocio. Esto ha hecho que se haya convertido en un ‘Estadio de 365 días al año’. Cuenta con cuatro restaurantes, el ‘Tour del Bernabéu’ y  la mayor tienda deportiva del mundo.

El club cambió los videomarcadores, la megafonía y los vestuarios. Se inauguró la nueva fachada de Padre Damián y la cubierta. El estadio es el mejor calefactado del mundo gracias a los 1.300 calefactores que se instalaron. Es además el primer campo de fútbol telegestionado del mundo. A través de la Unidad de Control Integral, se realiza el control remoto de todo el Bernabéu. En 2007, la UEFA le incluyó en la categoría de Estadios de Élite. Es un referente deportivo, social, comercial y empresarial. Un ejemplo de modernidad, funcionalidad y gestión.