A Guerra Civil estalou a 18 de Julho de 1936 e deixou o Velho Chamartín num péssimo estado. Para recuperar os diversos danos causados, foi necessário investir uma grande soma monetária. Em Outubro de 39, foi a reabertura com o primeiro dérbi do pós-guerra, em que os brancos se impuseram ao Atlético de Madrid por 2-1. Os adeptos não decaíram com o conflito bélico e o campo registou uma enchente. Depois de sucessivas reformas, o estádio foi ampliado para um total de 25.000 lugares, mas não foram suficientes para responder à ampla procura pelos adeptos.
Santiago Bernabéu contava já alguns anos a sonhar com a construção de um novo coliseu e quando chegou à presidência em 1943, tornou o sonho realidade. Colocou em marcha um projecto enorme com capacidade para 100.000 espectadores. Um estádio impressionante onde se viriam a escrever as páginas mais brilhantes da história do Real Madrid. O Novo Chamartín tornou-se no melhor campo da Europa e um dos mais modernos de todo o mundo. Na sua inauguração, em Dezembro de 1947, o conjunto madridista impôs-se ao campeão português, Os Belenenses (3-1). Barinaga foi o autor do primeiro golo marcado naquele cenário.
