A Guerra Civil estourou em 18 de julho de 1936 e deixou o Velho Chamartín em péssimo estado. Para reparar os múltiplos danos, foi necessário investir uma quantia significativa de dinheiro. Em outubro de 1939, o estádio foi reaberto com o primeiro dérbi do pós-guerra, no qual o Real Madrid venceu o Atlético de Madrid por 2 a 1. A torcida não perdeu o entusiasmo mesmo após o conflito, e o estádio registrou lotação máxima. Após sucessivas reformas, a capacidade foi ampliada para 25.000 lugares, mas ainda assim não foi suficiente para atender à crescente demanda dos torcedores.

Santiago Bernabéu sonhava há anos com a construção de um novo estádio e, quando assumiu a presidência em 1943, transformou esse desejo em realidade. Deu início a um projeto ambicioso, com capacidade para 100.000 espectadores. Um estádio impressionante, onde seriam escritas algumas das páginas mais gloriosas da história do Real Madrid. O Novo Chamartín tornou-se o melhor estádio da Europa e um dos mais modernos do mundo. Na sua inauguração, em dezembro de 1947, o Real Madrid venceu o campeão de Portugal, Os Belenenses, por 3 a 1. Barinaga foi o autor do primeiro gol marcado naquele cenário.

Esse foi um período de contínuas melhorias no estádio, que mais tarde passaria a se chamar Estádio Santiago Bernabéu.