Após as grandes melhorias realizadas para a Copa do Mundo de 1982, o estádio continuou crescendo e se modernizando.

Na temporada 1999-2000, foi iniciado um processo de modernização conhecido como "Projeto Líder XXI", que trouxe diversos serviços para sócios e torcedores. Foram implementadas a Linha Real Madrid (um canal telefônico de informações para os sócios e fãs), a venda de ingressos por telefone (pela primeira vez na história) e o ingresso de temporada transferível e financiado.

A capacidade do Bernabéu foi reorganizada em setores e o estádio passou por uma nova sinalização. O Terceiro Anel da Calle Padre Damián foi reformado, recebendo 9.380 novos assentos, que se somaram aos 16.000 instalados na temporada anterior em diferentes áreas. Com isso, a capacidade foi reduzida para 75.000 lugares, tornando-se um verdadeiro teatro madridista, onde todos os assentos passaram a ser numerados.

Ao assumir a presidência do Real Madrid, Florentino Pérez lançou o "Plano Diretor de Infraestruturas do Estádio", focado na atualização técnica das instalações e insfraestruturas, na exploração comercial e na criação de novas linhas de negócios. Isso transformou o estádio em um espaço ativo 365 dias por ano, com quatro restaurantes, o "Tour do Bernabéu" e a maior loja esportiva do mundo.

O clube também modernizou os placares eletrônicos, o sistema de som e os vestiários. Além disso, foram inauguradas a nova fachada da Calle Padre Damián e a cobertura. O Santiago Bernabéu se tornou o estádio mais aquecido do mundo, graças à instalação de 1.300 aquecedores, e também o primeiro campo de futebol com gestão remota, operado pela Unidade de Controle Integral, que monitora todas as funções do estádio. Em 2007, a UEFA concedeu ao Bernabéu a categoria de Estádio de Elite, consolidando-se como uma referência esportiva, social, comercial e empresarial. Um verdadeiro símbolo de modernidade, funcionalidade e gestão.